全国中小企业股份转让系统交易方式大幅创新，可以采用协议方式、做式方式、竞价方式。主板、中小板、创业板目前采用的是竞价交易方式，以及协议大宗交易和盘后定价大宗交易方式。

　　挂牌股票还可以转换转让方式，采取协议转让方式的，系统同时提供集合竞价转让安排。挂牌股票采取做市转让方式的，须有2 家以上“做市商”为其提供做市报价服务，做市商应当在全国股份转让系统持续发布买卖双向报价，并在报价价位和数量范围内履行与投资者的成交义务。

　　新三板挂牌公司股票可以实行标准化连续交易，实行T+1 规则。

　　在风险警示方面，全国中小企业股份转让系统对风险警示条件较为关键的是“净资产为负”，相对于主板、中小板、创业板更为宽松，应对经济环境的变动所导致的业绩变化也更有弹性。

　　全国中小企业股份转让系统相对看重信息披露，对收入和盈利都没有硬性指标要求，要求做风险警示的情况是：最近一个会计年度经审计的期末净资产为负值；最近一个会计年度的财务会计报告被出具否定意见或者无法表示意见的审计报告。

　　在退市条件中，全国股份转让系统也没有对公司盈利、交易活跃度、交易股价等提出任何硬性要求，更加强调信息披露和主办券商的督导作用。

　　全国股份转让系统退市制度暗示了挂牌企业申请沪深交易所上市更为便利。根据股份转让系统业务规则，挂牌企业出现下列情形之一的，全国股份转让系统公司终止其股票挂牌：“中国证监会核准其首次公开发行股票申请，或证券交易所同意其股票上市”。在此处表述中，向证监会申请ipo 和向交易所申请上市采取了并列的方式，两者可选其一。