截至2025-09-30，共10家主力机构(一般法人10家)持有神农种业，持仓量总计0.87亿股，占流通A股8.47。
其中，基金持仓与2025-06-30相比：
增仓：0家，增持万股
减仓：0家，减持万股
新出现在主力名单中：0家，持有万股
从主力名单中消失：12家，原持有686.44万股
注：此数据依据最新的基金投资组合与公司财务报告合并计算得出。神农种业己经披露2025-09-30财务报告。
各类机构持股比例如下图所示:
| 持仓量/比例 | 24-09-30 | 24-12-31 | 25-03-31 | 25-06-30 | 25-09-30 |
| 一般法人 | 10006.76万/9.76% | 8688.70万/8.48% | 8614.90万/8.40% | 8518.59万/8.32% | 8682.38万/8.47% |
| 券商 | --万/--% | --万/--% | --万/--% | 761.28万/0.74% | --万/--% |
| 基金 | --万/--% | --万/--% | --万/--% | 326.35万/0.32% | --万/--% |
